有限公司自然人独资需要缴纳的税包括:增值税、企业所得税、个人所得税、印花税、教育税附加、地方教育附加、城市维护建设税等。个人独资企业不缴纳企业所得税,缴纳个人所得税,个人所得税按收入所得和利息、股息、红利所得分两种计算方法。收入所得:个人独资企业的收入所得计算个人所得税,适用5%-35%的五级超额累进税率。具体对应税率如下:1、全年收入所得额不超过15000,税率5%;2、全年收入所得额超过15000-30000的部分,税率10%;3、全年收入所得额超过30000-60000的部分,税率20%;4、全年收入所得额超过60000-100000的部分,税率30%;5、全年收入所得额超过100000的部分,税率35%。利息、股息、红利所得:个人独资企业的利息、股息、红利所得,适合比例税率,税率为20%《中华人民共和国税收征收管理法》第十五条企业,企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所,个体工商户和从事生产、经营的事业单位(以下统称从事生产、经营的纳税人)自领取营业执照之日起三十日内,持有关证件,向税务机关申报办理税务登记。税务机关应当于收到申报的当日办理登记并发给税务登记证件。工商行政管理机关应当将办理登记注册、核发营业执照的情况,定期向税务机关通报。本条第一款规定以外的纳税人办理税务登记和扣缴义务人办理扣缴税款登记的范围和办法,由国务院规定。