经济效益审计，是以审查评价实现经济效益的程度和途径为内容，以促进经济效益提高为目的所实施的审计，是政府审计的一种形式。
经济效益审计的主要对象是生产经营活动和财政经济活动能取得的经济效果或效率，它通过对企业生产经营成果、基本建设效果和行政事业单位资金使用效果的审查，评价经济效益的高低，经营情况的好坏，并进一步发掘提高经济效益的潜力和途径。经济效益审计，不仅是国家审计的一项重要目标，更重要的是内部审计的主要目标和日常工作的内容。根据我国国情的需要，实施效益审计，有利于促进国民经济各部门、各企事业单位以及各级政府机关和科研单位围绕提高经济效益和工作效益改进自己的工作，加强内部控制，实现最佳管理；有利于改善社会主义经济各方面的关系，维护正常的经济秩序；同时也利于提高财务审计的质量和巩固财经法纪审计的成果。
理解经济效益审计的涵义，应当掌握以下几点：
（1）审计的主体是独立的审计机构或审计人员。
（2）审计的对象是被审单位或项目的财务收支或经济活动。
（3）审计的性质是具有独立性的经济监督和评价活动，而不是结合业务工作进行的管理活动。
（4）经济效益审计的职能除监督以外，更重要的是评价、监证被审单位或项目经济效益的优劣。
（5）经济效益审计范围较广，须要进行综合的、系统的审查与分析。除了应用传统的财务审计方法外，还广泛应用现代管理科学的方法，而主要是为了取得审计证据。
（6）经济效益审计的目的是促使被审单位、落实责任制度，改善经营管理，提高经济效益。
我国的经济效益审计，类同于国外的绩效审计或“三E”审计，包括了经营审计和管理审计部分内容。“三E”审计，是指经济性审计、效率性审计和效果审计。
对财务支出是否节约或浪费所进行的审计，为经济性审计。所谓经济性，是指以最低的支出和耗费开展经营活动，尽量节约，避免浪费。通过经济性审计,可以揭示被审计单位财政财务活动的恰当程度及其遵纪守法情况。
效率性审计，主要是指对投入与产出之间关系所进行的审计。通过该种审计，借以评价成本与盈利的情况，判明被审计单位的经济活动是否经济有效。其审计的主要内容是：判明被审计单位在管理和利用资源上是否经济有效;查明不经济、效率低的原因；检查是否遵守有关提高效率的法规等。效率审计，最终要揭示被审计单位管理结构的合理性和管理职能发挥的有效性,进一步寻求有利于提高效率的办法和措施。由于该种审计主要采用货币计量单位,以价值的形式计算比较,所以也称为价值审计。
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